Škola začala svoju činnosť v školskom roku 1949-50 v priestoroch františkánskeho kláštora pod názvom Osobitná škola v Skalici. Bola otvorená ako dvojtriedna a jej prvým riaditeľom sa stal pán Rudolf Konečný, ktorý pôsobil vo funkcii riaditeľa plných 29 rokov.

Po dlhodobých intervenciách bola škola v roku 1980 presťahovaná do budovy bývalej ZDŠ. Spolu s osobitnou školou bol na poschodie budovy umiestnený aj výtvarný odbor ZUŠ.

V roku 1983 bol interiér budovy zrekonštruovaný, čím sa získala malá telocvičňa a kuchynka na výuku pracovného vyučovania. Cieľom rekonštrukcie bolo prispôsobiť budovu potrebám osobitnej školy.

Už tri roky po rekonštrukcii sa začali problémy s nedostatkom priestorov, ktoré pretrvávajú dodnes. O budovu sa škola delila s výtvarným odborom ZUŠ, čo bolo na veľkú škodu oboch škôl, pretože nevyhovujúce priestory uberali na kvalite výchovno-vzdelávacieho procesu.

V roku 1995 bola otvorená prvá špeciálna trieda pre ťažko mentálne a viacnásobne postihnuté deti vzdelávané podľa individuálnych vzdelávacích programov.

Dňa 1.1.1997 škola získala právnu subjektivitu a dňa 1.9.2000 sa zmenil názov školy na Špeciálnu základnú školu Nadobudnutím účinnosti zákona č. 229/2000 Z. z., ktorým sa mení a dopĺňa zákon č. 29/1984 Zb. o sústave základných a stredných škôl v znení neskorších predpisov, sa žiaci s mentálnym postihnutím v špeciálnej základnej škole vzdelávajú v rámci vnútornej diferenciácie školy v nasledovaných variantoch:

variant A: žiaci s ľahkým stupňom mentálneho postihnutia

variant B: žiaci so stredným stupňom mentálneho postihnutia

variant C: žiaci s ťažkým alebo hlbokým stupňom mentálneho postihnutia

žiaci s autizmom alebo ďalšími pervazívnymi vývinovými poruchami s mentálnym postihnutím

Po roku 2000 boli ZUŠ pridelené nové priestory a tým sa konečne vyriešili priestorové problémy špeciálnej základnej školy aj základnej umeleckej školy. Každá škola získala samostatné priestory.

Od 1.januára 2008 sa Špeciálna základná škola stala organizačnou zložkou Spojenej školy v Skalici.